社会有机体结构的转换首先发生在“社会人的生产器官”上，当社会有机体这一深层结构变化后，它首先冲击了经济结构，要求变革生产关系；进一步又涉及表层结构，引起政治、观念的变革，这就形成一个整体。因此，在社会有机体的总体—要素分析中，首先是总体，揭示总体是怎样产生的，它又怎样被新的总体取代；要素则处于这样一种地位，即要素为总体服务，并作为总体的“器官”生成和被创造出来。
在社会有机体的发展中，总体与要素的关系包括机体与细胞的关系。社会有机体一切关系的同构性形成一个有机体，其基础和原因都在于社会有机体的“细胞”。马克思社会有机体的总体—要素分析法包含了机体—细胞分析法。按照马克思的观点，对社会有机体有两种不同形式的分析：一是机体分析或叫宏观分析；二是细胞分析或叫微观分析。科学的分析既是宏观的又是微观的，既是机体的又是细胞的，二者应有机地统一起来，达到相互映现、相互引申的高度。
就机体分析与细胞分析的关系而言，人们常常先进行机体分析，“因为已经发育的身体比身体的细胞容易研究些”[29]。社会科学的认识往往是这样的，即“对更有内容和更复杂形式的分析”至少已接近成功，而对其“细胞”的分析却没有进行。马克思不仅分析了社会的“机体”，而且还同时分析了社会的“细胞”，并从社会的“细胞”出发，合理地演绎出整个社会机体，然后反过来再进一步研究“细胞”。这样一条全新的思路，在《资本论》中以其正文的第一句话跃然而出：“资本主义生产方式占统治地位的社会的财富，表现为‘庞大的商品堆积’，单个的商品表现为这种财富的元素形式。因此，我们的研究就从分析商品开始。”[30]这是因为，“对资产阶级社会说来，劳动产品的商品形式，或者商品的价值形式，就是经济的细胞形式”[31]。